リセットダイエットには、危険性があるという意見があるのは事実です。
リセットダイエットの危険性は、極端な食事制限による栄養素の偏りと、短期間で痩せるため、体は、危機的状況だと判断して体のホメオスターシス（生体恒常性機能）という機能が働き、リバウンドしやすくなっています。リバウンドをすること自体が、体に負担をかける危険なことだという専門家もいます。リバウンドしたら、またダイエットをすればいいかというと、それで体重は減ったようでも内臓脂肪が増えている場合があるのです。
また、別の危険性も指摘されています。糖質は脳の唯一無二の栄養素であり、糖質をカットすることは脳にダメージを与える可能性があるというものです。肝臓で糖新生が繰り返し行うため、肝臓に大きな負担を与えることも予想されますし、ケトン体が多く合成されるため、体内のPHバランスが崩れ、ケトアシドーシス（中性に保たれているはずの血液が酸性に傾いた状態）を引き起こすことがあります。
ケトアシドーシスになると、呼吸が激しくなったり体内のPHバランスが崩れたり、悪化した場合は昏睡等を引き起こす場合があります。ケトン体が多く合成されると、ダイエット臭といわれる口臭や体臭の原因になるのです。医師、栄養学者等が糖尿病予備軍を作ると言う言い方をされていますし、悪化すると生命までも危険にさらされかねないのです。